San Agustín se construyó en su estructura general entre los años 1550 y 1566, dirigiendo las obras el arquitecto Diego de Vergara.

La disposición de su fachada en el exterior es muy singular.La portada ofrece una composición manierista, destacando un volado balcón que concede cierto aire civil al edificio. La torre, embutida entre dos contrafuertes, presenta dos momentos constructivos: tres cuerpos bajos ejecutados entre 1675 y 1676 y el resto que corresponde al siglo XVIII.

Muy diversas han sido las reparaciones y cambios que ha sufrido este templo, entre ellas destacaremos las del año 1668, momento en el que se cambia la armadura mudejar de la nave por la bóveda de medio cañón con lunetos que vemos ahora.

La capilla mayor fue remodelada dentro del estilo manierista. A ella se accede mediante un gran arco triunfal de medio punto. Tiene planta rectangular y cubierta con bóveda gótica, todo el espacio se encuentra cubierto con decoración de yeserías y con lienzos embutidos con la vida de San Agustín. Ello conforma por tanto una unidad espacial muy equilibrada, con programas ornamentales en estuco, con derroche de enormes racimos de frutas, escudos, mascarones, cabezas emplumadas...

A la nave central se abren en el lado del evangelio unas capillas que son interesantes en cuanto a sus cubiertas y a los elementos arquitectónicos que les dan acceso. En su interior guardan retablitos de distintas facturas, al igual que lienzos de pequeño formato.